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【ストーリー】
シェパードの後を引き継ぎ局長に就任したヴァンスは、突然、捜査チームの解散を発令。ジヴァには任務終了による帰国、
マクギーとトニーには遠く離れた部署への転属、そしてギブスには新たなチームを持って仕事をしろと命令する。
数か月後。ギブスは、法務専門のリー、IT担当のキーティング、FBI帰りのランガーという新しい部下を率いることになり、頼りにならない3人を前に苛立ちを隠せない。
一方トニーは空母勤務、ジヴァはモサドへと戻され、マクギーはサイバー捜査課への異動を命じられており、アビーやダッキーも以前の仲間を毎日のように恋しがる始末。
そんな中、トレーラーパークに放置されていたキャンピングカーで、頭を撃たれた腐乱死体が発見される。
調査の結果、4か月前から姿が見えなくなっていたスティーヴ・ニコラス・ヴァーゴ兵曹と判明。最高機密を扱う部署にいたため、その関係でトラブルに巻き込まれていた可能性が浮上する。
やがて、以前彼と同じ部隊にいた元海軍兵ロバーツがモロッコでの爆死のニュースが。しかもそのニュース映像を見たギブスたちは、負傷者の中にジヴァを見つけて驚愕する。
ヴァンス局長を問い詰めたギブスは、驚くべき事実を告げられる……。

【特典】
■ DISC9
製作の舞台裏：「アリゾナからの便り」
■ DISC．12：2話
・ シーズン6：衝撃的な始まり
・ NCISの死体制作について
・ サントラ制作秘話：♪フィアー
・ シーズン6の見どころ
・ 出演者たちが語るシーズン6